Dobrý den,
asi nejlepším řešením je za mne zajistit migraci projektu na novější verzi Mergado Editoru. Tedy převést projekt na Mergado 2. (Návod na převod projektu najdete zde).
Po migraci pak bude možné elementy jednoduše skrýt. Možná kolegy ze supportu ještě napadne nějaké alternativní řešení, ale převodu se tento rok stejně nevyhnete, jelikož máme v plánu migrovat všechny projekty na novější verzi Mergado Editoru i z naší strany. 
Původní verze Mergado Editoru bohužel vytvářela vícenásobné elementy jako samostatné elementy v rámci projektu (datábázi). Docházelo pak přesně k situaci, kterou popisujete…
Novější verze však dokáže “správně pracovat” s vícenásobnými elementy.